W późniejszym okresie, po wojnach i zarazie wieś wyludniła się. Po pewnym czasie znów zatętniła życiem za sprawą przybyłych tu osadników, którzy założyli gminę ewangelicką. Pod koniec XVII wieku zbudowano szkołę i dom modlitwy (zapewne obecny kościół), który pierwotnie nie posiadał wieży. Można sądzić, że została ona dobudowana po 1-szym rozbiorze Polski. Świątynię zbudowano z ciosanych ręcznie drewnianych bali i pokryto strzechą z trzciny. Niewidoczna od zewnątrz konstrukcja dachu, jest zdaniem specjalistów unikatowa. Kościół do roku 1945 pełnił funkcję zboru ewangelickiego. Po II wojnie światowej obiekt wykorzystywano do magazynowania płodów rolnych, a później przeznaczono na salę gimnastyczną, dla potrzeb pobliskiej szkoły. W roku 1956 świątynia znalazła się w wojewódzkim rejestrze zabytków.
Po zmianach ustrojowych, w roku 1989 świątynię przekazano parafii w Wąbrzeźnie z przeznaczeniem na kościół filialny. Proboszczem wąbrzeskim był wówczas ks. Stanisław Filarski. W dniu 28 października 1989 r. kościół został poświęcony przez biskupa Mariana Przykuckiego otrzymując za patrona O. Maksymiliana Kolbego.
Z powodu ogromnych ubytków i zniszczeń, pomimo corocznych zabiegów remontowych stan świątyni nie był zadawalający. Zniszczone podwaliny i oczep węgła, znaczne pochylenie jednej ze ścian, to tylko niektóre z przyczyn mogących z czasem doprowadzić obiekt do ruiny.
W 1992 r. po powierzeniu obowiązków proboszcza wąbrzeskiej parafii ks. Janowi Kalinowskiemu, rozpoczęto starania o kapitalny remont jarantowickiej świątyni. W roku 1993 ks. Proboszcz zlecił Fundacji Ochrony Zabytków w Warszawie opracowanie opinii mykologiczno-budowlanej. W opracowaniu tym znalazł się skomplikowany opis zabiegów, jakie należało podjąć, by móc uratować świątynię. Uniesienie całego kościoła na znaczną wysokość w celu ułożenia nowych podwalin, wymiana całego poszycia dachowego i wiele innych zabiegów, z powodu wysokich kosztów całej operacji wydawały się nie do zrealizowania. Mimo to w roku 2003 ks. Kalinowski polecił opracowanie projektu budowlanego konserwacji i remontu kościoła, kierując się wskazaniami Diecezjalnego Konserwatora i Wojewódzkiego Urzędu Ochrony Zabytków. Równolegle podjęte starania o pozyskanie środków z budżetu Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego przyniosły pozytywny skutek.
Parafianie wraz ze swoim Duszpasterzem upraszali wstawiennictwa św. Maksymiliana Kolbego, który jak każdy wie, stawiał przed sobą jeszcze trudniejsze zadania. Z Bożą pomocą, który dał korzystną pogodę i wielu ofiarnych, życzliwych współpracowników, rozpoczęte dzieło pomyślnie zakończono.
Gruntownie odrestaurowany kościół został poświęcony i oficjalnie przekazany do ponownego użytkowania w dniu 12 października 2006 r., podczas uroczystej Mszy Świętej, sprawowanej przez Pasterza Diecezji Toruńskiej, Księdza Biskupa Andrzeja Suskiego. Słów homilii, które nawiązywały do duchowych wartości człowieka, wysłuchał tłum wiernych, wśród których było wielu szacownych gości. Przy tej szczególnej okazji, ks. Proboszcz serdecznie dziękował Księdzu Biskupowi za okazywaną troskę o jarantowicką świątynię, oraz za przybycie ze słowem i błogosławieństwem na uroczystość. Witając kolejnych gości, ks. Proboszcz nie szczędził słów podziękowania pod adresem tych, którzy przyczynili się do realizacji i pomyślnego zakończenia inwestycji. Wśród nich wyróżniony został pan inż. Krzysztof Sumeracki z Wąbrzeźna. „Jestem przekonany, że dzisiejsza uroczystość otwiera nowy etap w dziejach tego kościoła. Mam nadzieję, że jest ona początkiem swoistej witalizacji tej wyjątkowej świątyni” – tymi słowami zakończył swoje przemówienie ks. Proboszcz.
Po Mszy św. zaproszono przybyłych na poczęstunek, który przygotowano z pomocą Gminy Wąbrzeźno i mieszkańców Jarantowic. W miejscowej szkole można było zwiedzić okolicznościową wystawę i obejrzeć prezentację multimedialną o historii i najnowszych dziejach kościoła w Jarantowicach.
Jan Krzysztof Kaliracki